Multiple mitochondrial introgression events and heteroplasmy in trypanosoma cruzi revealed by maxicircle MLST and next generation sequencing.

Messenger LA, Llewellyn MS, Bhattacharyya T, Franzén O, Lewis MD, Ramírez JD, Carrasco HJ, Andersson B, Miles MA

PLoS Negl Trop Dis 6 (4) e1584 [2012-04-10; online 2012-04-10]

Mitochondrial DNA is a valuable taxonomic marker due to its relatively fast rate of evolution. In Trypanosoma cruzi, the causative agent of Chagas disease, the mitochondrial genome has a unique structural organization consisting of 20-50 maxicircles (∼20 kb) and thousands of minicircles (0.5-10 kb). T. cruzi is an early diverging protist displaying remarkable genetic heterogeneity and is recognized as a complex of six discrete typing units (DTUs). The majority of infected humans are asymptomatic for life while 30-35% develop potentially fatal cardiac and/or digestive syndromes. However, the relationship between specific clinical outcomes and T. cruzi genotype remains elusive. The availability of whole genome sequences has driven advances in high resolution genotyping techniques and re-invigorated interest in exploring the diversity present within the various DTUs. To describe intra-DTU diversity, we developed a highly resolutive maxicircle multilocus sequence typing (mtMLST) scheme based on ten gene fragments. A panel of 32 TcI isolates was genotyped using the mtMLST scheme, GPI, mini-exon and 25 microsatellite loci. Comparison of nuclear and mitochondrial data revealed clearly incongruent phylogenetic histories among different geographical populations as well as major DTUs. In parallel, we exploited read depth data, generated by Illumina sequencing of the maxicircle genome from the TcI reference strain Sylvio X10/1, to provide the first evidence of mitochondrial heteroplasmy (heterogeneous mitochondrial genomes in an individual cell) in T. cruzi. mtMLST provides a powerful approach to genotyping at the sub-DTU level. This strategy will facilitate attempts to resolve phenotypic variation in T. cruzi and to address epidemiologically important hypotheses in conjunction with intensive spatio-temporal sampling. The observations of both general and specific incidences of nuclear-mitochondrial phylogenetic incongruence indicate that genetic recombination is geographically widespread and continues to influence the natural population structure of TcI, a conclusion which challenges the traditional paradigm of clonality in T. cruzi.

Affiliated researcher

PubMed 22506081

DOI 10.1371/journal.pntd.0001584

Crossref 10.1371/journal.pntd.0001584

pii: PNTD-D-11-00969
pmc: PMC3323513
GENBANK: JQ581059
GENBANK: JQ581060
GENBANK: JQ581061
GENBANK: JQ581062
GENBANK: JQ581063
GENBANK: JQ581064
GENBANK: JQ581065
GENBANK: JQ581066
GENBANK: JQ581067
GENBANK: JQ581068
GENBANK: JQ581069
GENBANK: JQ581070
GENBANK: JQ581071
GENBANK: JQ581072
GENBANK: JQ581073
GENBANK: JQ581074
GENBANK: JQ581075
GENBANK: JQ581076
GENBANK: JQ581077
GENBANK: JQ581078
GENBANK: JQ581079
GENBANK: JQ581080
GENBANK: JQ581081
GENBANK: JQ581082
GENBANK: JQ581083
GENBANK: JQ581084
GENBANK: JQ581085
GENBANK: JQ581086
GENBANK: JQ581087
GENBANK: JQ581088
GENBANK: JQ581089
GENBANK: JQ581090
GENBANK: JQ581091
GENBANK: JQ581092
GENBANK: JQ581093
GENBANK: JQ581094
GENBANK: JQ581095
GENBANK: JQ581096
GENBANK: JQ581097
GENBANK: JQ581098
GENBANK: JQ581099
GENBANK: JQ581100
GENBANK: JQ581101
GENBANK: JQ581102
GENBANK: JQ581103
GENBANK: JQ581104
GENBANK: JQ581105
GENBANK: JQ581106
GENBANK: JQ581107
GENBANK: JQ581108
GENBANK: JQ581109
GENBANK: JQ581110
GENBANK: JQ581111
GENBANK: JQ581112
GENBANK: JQ581113
GENBANK: JQ581114
GENBANK: JQ581115
GENBANK: JQ581116
GENBANK: JQ581117
GENBANK: JQ581118
GENBANK: JQ581119
GENBANK: JQ581120
GENBANK: JQ581121
GENBANK: JQ581122
GENBANK: JQ581123
GENBANK: JQ581124
GENBANK: JQ581125
GENBANK: JQ581126
GENBANK: JQ581127
GENBANK: JQ581128
GENBANK: JQ581129
GENBANK: JQ581130
GENBANK: JQ581131
GENBANK: JQ581132
GENBANK: JQ581133
GENBANK: JQ581134
GENBANK: JQ581135
GENBANK: JQ581136
GENBANK: JQ581137
GENBANK: JQ581138
GENBANK: JQ581139
GENBANK: JQ581140
GENBANK: JQ581141
GENBANK: JQ581142
GENBANK: JQ581143
GENBANK: JQ581144
GENBANK: JQ581145
GENBANK: JQ581146
GENBANK: JQ581147
GENBANK: JQ581148
GENBANK: JQ581149
GENBANK: JQ581150
GENBANK: JQ581151
GENBANK: JQ581152
GENBANK: JQ581153
GENBANK: JQ581154
GENBANK: JQ581155
GENBANK: JQ581156
GENBANK: JQ581157
GENBANK: JQ581158
GENBANK: JQ581159
GENBANK: JQ581160
GENBANK: JQ581161
GENBANK: JQ581162
GENBANK: JQ581163
GENBANK: JQ581164
GENBANK: JQ581165
GENBANK: JQ581166
GENBANK: JQ581167
GENBANK: JQ581168
GENBANK: JQ581169
GENBANK: JQ581170
GENBANK: JQ581171
GENBANK: JQ581172
GENBANK: JQ581173
GENBANK: JQ581174
GENBANK: JQ581175
GENBANK: JQ581176
GENBANK: JQ581177
GENBANK: JQ581178
GENBANK: JQ581179
GENBANK: JQ581180
GENBANK: JQ581181
GENBANK: JQ581182
GENBANK: JQ581183
GENBANK: JQ581184
GENBANK: JQ581185
GENBANK: JQ581186
GENBANK: JQ581187
GENBANK: JQ581188
GENBANK: JQ581189
GENBANK: JQ581190
GENBANK: JQ581191
GENBANK: JQ581192
GENBANK: JQ581193
GENBANK: JQ581194
GENBANK: JQ581195
GENBANK: JQ581196
GENBANK: JQ581197
GENBANK: JQ581198
GENBANK: JQ581199
GENBANK: JQ581200
GENBANK: JQ581201
GENBANK: JQ581202
GENBANK: JQ581203
GENBANK: JQ581204
GENBANK: JQ581205
GENBANK: JQ581206
GENBANK: JQ581207
GENBANK: JQ581208
GENBANK: JQ581209
GENBANK: JQ581210
GENBANK: JQ581211
GENBANK: JQ581212
GENBANK: JQ581213
GENBANK: JQ581214
GENBANK: JQ581215
GENBANK: JQ581216
GENBANK: JQ581217
GENBANK: JQ581218
GENBANK: JQ581219
GENBANK: JQ581220
GENBANK: JQ581221
GENBANK: JQ581222
GENBANK: JQ581223
GENBANK: JQ581224
GENBANK: JQ581225
GENBANK: JQ581226
GENBANK: JQ581227
GENBANK: JQ581228
GENBANK: JQ581229
GENBANK: JQ581230
GENBANK: JQ581231
GENBANK: JQ581232
GENBANK: JQ581233
GENBANK: JQ581234
GENBANK: JQ581235
GENBANK: JQ581236
GENBANK: JQ581237
GENBANK: JQ581238
GENBANK: JQ581239
GENBANK: JQ581240
GENBANK: JQ581241
GENBANK: JQ581242
GENBANK: JQ581243
GENBANK: JQ581244
GENBANK: JQ581245
GENBANK: JQ581246
GENBANK: JQ581247
GENBANK: JQ581248
GENBANK: JQ581249
GENBANK: JQ581250
GENBANK: JQ581251
GENBANK: JQ581252
GENBANK: JQ581253
GENBANK: JQ581254
GENBANK: JQ581255
GENBANK: JQ581256
GENBANK: JQ581257
GENBANK: JQ581258
GENBANK: JQ581259
GENBANK: JQ581260
GENBANK: JQ581261
GENBANK: JQ581262
GENBANK: JQ581263
GENBANK: JQ581264
GENBANK: JQ581265
GENBANK: JQ581266
GENBANK: JQ581267
GENBANK: JQ581268
GENBANK: JQ581269
GENBANK: JQ581270
GENBANK: JQ581271
GENBANK: JQ581272
GENBANK: JQ581273
GENBANK: JQ581274
GENBANK: JQ581275
GENBANK: JQ581276
GENBANK: JQ581277
GENBANK: JQ581278
GENBANK: JQ581279
GENBANK: JQ581280
GENBANK: JQ581281
GENBANK: JQ581282
GENBANK: JQ581283
GENBANK: JQ581284
GENBANK: JQ581285
GENBANK: JQ581286
GENBANK: JQ581287
GENBANK: JQ581288
GENBANK: JQ581289
GENBANK: JQ581290
GENBANK: JQ581291
GENBANK: JQ581292
GENBANK: JQ581293
GENBANK: JQ581294
GENBANK: JQ581295
GENBANK: JQ581296
GENBANK: JQ581297
GENBANK: JQ581298
GENBANK: JQ581299
GENBANK: JQ581300
GENBANK: JQ581301
GENBANK: JQ581302
GENBANK: JQ581303
GENBANK: JQ581304
GENBANK: JQ581305
GENBANK: JQ581306
GENBANK: JQ581307
GENBANK: JQ581308
GENBANK: JQ581309
GENBANK: JQ581310
GENBANK: JQ581311
GENBANK: JQ581312
GENBANK: JQ581313
GENBANK: JQ581314
GENBANK: JQ581315
GENBANK: JQ581316
GENBANK: JQ581317
GENBANK: JQ581318
GENBANK: JQ581319
GENBANK: JQ581320
GENBANK: JQ581321
GENBANK: JQ581322
GENBANK: JQ581323
GENBANK: JQ581324
GENBANK: JQ581325
GENBANK: JQ581326
GENBANK: JQ581327
GENBANK: JQ581328
GENBANK: JQ581329
GENBANK: JQ581330
GENBANK: JQ581331
GENBANK: JQ581332
GENBANK: JQ581333
GENBANK: JQ581334
GENBANK: JQ581335
GENBANK: JQ581336
GENBANK: JQ581337
GENBANK: JQ581338
GENBANK: JQ581339
GENBANK: JQ581340
GENBANK: JQ581341
GENBANK: JQ581342
GENBANK: JQ581343
GENBANK: JQ581344
GENBANK: JQ581345
GENBANK: JQ581346
GENBANK: JQ581347
GENBANK: JQ581348
GENBANK: JQ581349
GENBANK: JQ581350
GENBANK: JQ581351
GENBANK: JQ581352
GENBANK: JQ581353
GENBANK: JQ581354
GENBANK: JQ581355
GENBANK: JQ581356
GENBANK: JQ581357
GENBANK: JQ581358
GENBANK: JQ581359
GENBANK: JQ581360
GENBANK: JQ581361
GENBANK: JQ581362
GENBANK: JQ581363
GENBANK: JQ581364
GENBANK: JQ581365
GENBANK: JQ581366
GENBANK: JQ581367
GENBANK: JQ581368
GENBANK: JQ581369
GENBANK: JQ581370
GENBANK: JQ581371
GENBANK: JQ581372
GENBANK: JQ581373
GENBANK: JQ581374
GENBANK: JQ581375
GENBANK: JQ581376
GENBANK: JQ581377
GENBANK: JQ581378
GENBANK: JQ581379
GENBANK: JQ581380
GENBANK: JQ581381
GENBANK: JQ581382
GENBANK: JQ581383
GENBANK: JQ581384
GENBANK: JQ581385
GENBANK: JQ581386
GENBANK: JQ581387
GENBANK: JQ581388
GENBANK: JQ581389
GENBANK: JQ581390
GENBANK: JQ581391
GENBANK: JQ581392
GENBANK: JQ581393
GENBANK: JQ581394
GENBANK: JQ581395
GENBANK: JQ581396
GENBANK: JQ581397
GENBANK: JQ581398
GENBANK: JQ581399
GENBANK: JQ581400
GENBANK: JQ581401
GENBANK: JQ581402
GENBANK: JQ581403
GENBANK: JQ581404
GENBANK: JQ581405
GENBANK: JQ581406
GENBANK: JQ581407
GENBANK: JQ581408
GENBANK: JQ581409
GENBANK: JQ581410
GENBANK: JQ581411
GENBANK: JQ581412
GENBANK: JQ581413
GENBANK: JQ581414
GENBANK: JQ581415
GENBANK: JQ581416
GENBANK: JQ581417
GENBANK: JQ581418
GENBANK: JQ581419
GENBANK: JQ581420
GENBANK: JQ581421
GENBANK: JQ581422
GENBANK: JQ581423
GENBANK: JQ581424
GENBANK: JQ581425
GENBANK: JQ581426
GENBANK: JQ581427
GENBANK: JQ581428
GENBANK: JQ581429
GENBANK: JQ581430
GENBANK: JQ581431
GENBANK: JQ581432
GENBANK: JQ581433
GENBANK: JQ581434
GENBANK: JQ581435
GENBANK: JQ581436
GENBANK: JQ581437
GENBANK: JQ581438
GENBANK: JQ581439
GENBANK: JQ581440
GENBANK: JQ581441
GENBANK: JQ581442
GENBANK: JQ581443
GENBANK: JQ581444
GENBANK: JQ581445
GENBANK: JQ581446
GENBANK: JQ581447
GENBANK: JQ581448
GENBANK: JQ581449
GENBANK: JQ581450
GENBANK: JQ581451
GENBANK: JQ581452
GENBANK: JQ581453
GENBANK: JQ581454
GENBANK: JQ581455
GENBANK: JQ581456
GENBANK: JQ581457
GENBANK: JQ581458
GENBANK: JQ581459
GENBANK: JQ581460
GENBANK: JQ581461
GENBANK: JQ581462
GENBANK: JQ581463
GENBANK: JQ581464
GENBANK: JQ581465
GENBANK: JQ581466
GENBANK: JQ581467
GENBANK: JQ581468
GENBANK: JQ581469
GENBANK: JQ581470
GENBANK: JQ581471
GENBANK: JQ581472
GENBANK: JQ581473
GENBANK: JQ581474
GENBANK: JQ581475
GENBANK: JQ581476
GENBANK: JQ581477
GENBANK: JQ581478
GENBANK: JQ581479
GENBANK: JQ581480
GENBANK: JQ581481
GENBANK: JQ581482
GENBANK: JQ581483
GENBANK: JQ581484
GENBANK: JQ581485
GENBANK: JQ581486
GENBANK: JQ581487
GENBANK: JQ581488
GENBANK: JQ581489
GENBANK: JQ581490
GENBANK: JQ581491
GENBANK: JQ581492
GENBANK: JQ581493
GENBANK: JQ581494
GENBANK: JQ581495
GENBANK: JQ581496
GENBANK: JQ581497
GENBANK: JQ581498
GENBANK: JQ581499
GENBANK: JQ581500
GENBANK: JQ581501
GENBANK: JQ581502
GENBANK: JQ581503
GENBANK: JQ581504
GENBANK: JQ581505
GENBANK: JQ581506
GENBANK: JQ581507
GENBANK: JQ581508
GENBANK: JQ581509
GENBANK: JQ581510
GENBANK: JQ581511
GENBANK: JQ581512


Publications 6.6.3